Sonia Carmignani è professore ordinario di diritto agrario presso il Dipartimento di Giurisprudenza, Università degli Studi di Siena e membro del Collegio dei docenti della Scuola di Dottorato in Scienze giuridiche. È inoltre responsabile scientifica per progetti di ricerca internazionali e nazionali: PRIN 2005: Materia agricola e competenza regionale   Coordinatore; PRIN 2008: L’agricoltura nel sistema della produzione di beni sicuri: alimenti ed energia e membro del Comitato di redazione della Rivista Diritto e Giurisprudenza Agraria e dell’Ambiente, e della Rivista di Diritto Agrario . Socio corrispondente dell’Istituto di Diritto Agrario Internazionale e Comparato di Firenze (I.D.A.I.C.).
Dal 2018 è Pro Rettore vicario dell’Università di Siena.